ヒューマノイドとアーマード・ワイバーン達は、決勝戦での乱入をダークロード達に抗議する為に、闇文明の地へと乗り込んだ。しかし、そこで彼らが見たのは、闇文明を襲撃するフレイム・コマンド達の姿であった！なんとか撃退に成功し、闇のバトラー達の話を聞くと、なんとあの乱入は彼らにとっても想定外の事態であった。真の黒幕が他にいることを悟った闇と火のバトラー達は、種族、文明を超えた共同戦線を張ることとなった。その事態を知った水のバトラー達の前に「
パンドラ・コマンド」と名乗る謎の存在達が現れた！光のバトラー達の援護を受け、パンドラ・コマンドと戦う水のバトラー。超獣世界を守るための戦いが、本格的に始動する。
