「具体的には現在箱庭学園に通う全校生徒 彼等を犠牲にフラスコ計画は完成する」


発案者:安心院なじみ
主宰:不知火袴
費用:世界中が動く程度
目的:「異常(完全)」である人間を人工的に作り出すこと。またそれによって全員押並べて平等な世の中を作ること。

100年ほど前に、黒箱塾創立者である安心院なじみにより発案されたプロジェクト、黒箱塾設立には黒神家が関わっている。
学園内だけで済まされる話ではなく、世界中の研究員が開発・協力している。
目的は上記の通りである。「異常」はほとんど生まれつきなものなため、常人では故意に途中から発生させるということはできない。
その常人では持ち得ない「異常」を常人に植えつける場合、もちろん副作用は免れ得ないのだが、その「異常」を副作用なしで発生させようというのがフラスコ計画の概要である。

ちなみに作中において、常人に「異常」を発現させるということは全くの夢物語ではない。
フラスコ計画統括者・名瀬夭歌は、「普通」であり自らの親友である古賀いたみの体を改造し、
「異常」と言わしめるまでの異常な身体能力を持たせることに成功している。
(フラスコ計画に参加しているので『拒絶の扉』をクリアするような、異常特有の運すら思いのままにする性質も持ち合わせている)

しかし、駆動時間が短いという致命的な弱点も持ち合わせている。
こういった異常の不利益な部分を解消する為のフラスコ計画だが、完成させるためには箱庭学園に通う全校生徒の命を代償とする。
それを知っためだか達生徒会は、フラスコ計画本拠地である時計台地下に乗り込み、後述の十三組の十三人と死闘を繰り広げ 結果フラスコ計画を凍結させた。
これによりフラスコ計画は終焉かに見えたが、この後第二プランである「フラスコ計画プランB」が秘密裏に進められ、結果的にそちらは良い成果を上げている。

安心院なじみ復活後は完全な人間「主人公」を作るため人吉善吉を被検体とし真・フラスコ計画を発動。
完成には至っていないものの、主人公であるめだかを善吉が倒した際、道筋が見えたとのこと。
その後、めだかとの約束により危険性をなくした安全な健康的フラスコ計画を進行中、第一期生は虎居砕。

このフラスコ計画を進める為の研究者、そして献体者として「十三組の十三人(サーティーン・パーティ)」がいる。
彼らは異例な「異常」の中でもトップクラスに異常であり、トップクラスであるが故に戦闘能力も格段に高い。彼らについては13組の13人(サーティーン・パーティ)参照。


ちなみに主宰、不知火袴と発案者、安心院なじみは思想が違う様である
全員押並べて平等な世の中を作る、安価に天才を量産するというのは不知火袴の言葉であり
発案者である安心院自身にとってこの計画は悲願ではあるが自分にできないことをやるという為だけの計画である、道筋が見えて満足し自殺しかけるほど。