センテンス、オーバーズの戦いは後から加わったノーネーム達の乱入により更に混沌を極めていた。
闇文明は悪魔の体に水の戦略、知識を埋め込んだ水のデーモン・コマンドを、光文明は精霊に自然の力を与え、更に強力にした自然のエンジェル・コマンドを生み出した。
そんな中、センテンスのライトブリンガー
《予言者 ディテクティブ》の予言の元、水文明への侵攻が開始された。水の守護龍
《時間の超越 ラグ・サーバー》が迎え撃つが自然の龍
《大地の懲罰 ナスカ・アーツ》とラビリスの力により、バンテージ共々討ち倒されてしまう。そしてそんな状況の最中、ギルガがメッシュに戦場を託し、いなくなってしまう。一時的にノーネームのリーダーとなったメッシュは、水文明へと攻め込むことを決意する。
ディテクティブの予言は「空から絶望が再来する…対抗する術は、深海にあり…」というものであった。しかしそこにあったのは別物の絶望であった。水文明が封印していた力とは、かつてこの世界で猛威を奮っていた「ゼニス」。その力が具現化した超獣
ヴァニタス・コマンドだった。ヴァニタス・コマンド達によりあっという間に蹂躙される戦場…。特に
《絶無神 ベオグラード》の力は圧倒的で、次々と戦士達が倒れていった…。
その頃、フィオナの森ではドリームメイト、グレートメカオー、闇のティラノ・ドレイクが集まり、謎の儀式を行っていたのだった…。
