この物語の舞台であり主体である、実は世界規模にわたって有名な高等学校、それがこの箱庭学園である。


経歴 :黒箱塾→箱庭学園
理事長:不知火袴→黒神めだかが
組分け:1~4組→普通科
    6・8組→芸術科
    5・7・9組→体育科 
    10組→特別普通科
    11組→特別体育科
    12組→特別芸術科 
    13組→特別特別科※オーディオドラマ「めだかボックス ジュブナイル」より。小説にて13組生の事を指して「特別特待生に選ばれ」との記述もあり。
委員会:風紀・選挙管理・保健・飼育・食育・美化・図書
特色:規模的にはディズニーランドぐらい 100年ぐらいまえから生徒を生け贄にすることが前提のフラスコ計画が進んでいる


だだっぴろい面積を持つ、おそらく私立の高等学校。物語の進行はここでしか行われず、過去の回想限定で箱庭学園外が描写される。
以前の名前は「黒箱塾」であり、その当時は代表者を選ぶ為に殺し合いをするなど野蛮だったようである。いやこっちでも殺し合いしてるけど

クラスは13段階あり、基本的には 普通科 芸術科 体育科 に分かれる。 1~9組の科についてはおそらく、受験し普通に進学してきた者たちで、
基本的にここに属する生徒は「普通(ノーマル)」である。しかし、異常とも対等に渡り合える善吉や 結局過負荷だった不知火など、例外も多々ある。
10~13組は箱庭学園が特待生として迎え入れた、言わば「エリート」。10組~12組までは分類としては特別(スペシャル)に属する。
そして、その特待生の中でも「天才だから」「異端だから」という理由で学園にスカウトされたエリート達が「13組」。
普通、特待生と言えば学費免除などが挙げられるが、13組生は学費免除どころか登校義務さえ免除されている。故に、そのほとんどは学校に通わない。
例外として1年の生徒会長・めだかと、二年の風紀委員・雲仙冥利、三年の元生徒会長・日之影空洞の三人がいる。
「生徒総会」が生徒会によって開かれた場合以外、彼らは学校に訪れることは全く無いが、逆に彼らが自主的に登校してくるタイミングも存在する。
それは13組の中でも異端中の異端、そして13組の代表として扱われる「13組の13人(サーティーン・パーティ)」の1人が脱退し、空席が出来たときである。
「13組の13人」についてはその項参照
「十三組の十三人」は13組生にとって憧れのような存在であり、また一種の目標と言っていい。ちなみに彼らが十三組の十三人を勝ち取る手段は、基本的に戦闘である。

敷地内に軍艦塔(ゴーストバベル)という旧校舎があり、そこの管理は元「十三組の十三人」である黒神真黒に任されている。
また救命や治安管理など、一般的には他を雇用して行う事も生徒達によって賄われている。
短絡的に言えば病院=保健委員会、警察=風紀委員会である。また流石に螺子が刺さるほどの重症のときは頼る。救急車くる。
けど保健委員の赤さんの能力はどんな重症でも一瞬で直しちゃう。なんで救急車呼んだの。
その為、学園内の破壊については寛容的であり、現に風紀委員(特に委員長)はやりたい放題である。

箱庭学園の委員会の基本方針は「下につけども従わず」。「上」とは生徒会のことであり、風紀委員はある意味わかりやすくこの方針通りに行動している。
とはいえ、生徒会の個人個人と委員会の個人個人の仲が悪いという訳でもなく、現に会長・めだかと飼育委員長・杖は仲がいい。

ちなみに黒箱塾時代に創設者である安心院なじみの冗談で作られたイベントがいくつかあり
 ・凶化合宿
フラスコ計画の一環だった鍛錬法、所謂メンタルトレーニング、過酷過ぎて理事長が廃止した。
 ・生徒会戦挙
塾頭を解職する際、塾頭と請求者の決闘をもって次期塾頭を選出する。
 ・百輪走
ご法度である中途退学を円満な形で終わらせる為に、精鋭百人と対決し、勝利すれば塾を抜けられる。(実際は抜けようとする生徒への制裁)
等など、いずれも物騒。

  • おまけ
アニメで出てきた箱庭病院の診療科分類
  • 第一異常科・第二異常科・第三異常科
  • 異常小児科・強度異常科・異常科学科
  • 異常解析科・異常内科